ریشه گندم افشان و سطحی است. به گونه ای که 70 درصد ریشه گندم در عمق تنها 25  تا 30 سانتی متری سطح خاک قرار می گیرد. گندم طوقه ای در محل اتصال ساقه به ریشه دارد که از روی این طوقه از سطح خاک تعدادی برگ به وجود می آید. این برگ ها پس از رشد کردن وارد مرحله پنجه زنی می شوند. تعداد پنجه های روی هر بوته سه تا پنج عدد است. سپس گندم وارد مرحله ساقه دهی می شود. به طوری که در این مرحله هریک از پنجه ها تبدیل به یک ساقه شده و شرایط تولید دانه را دارند.

ساقه:

ساقه در گندم از تغییر شکل هر یک از پنجه ها به وجود می آید. ساقه ها توخالی و دارای گره هستند و در محل گره ها به حالت اسفنجی و توپر در می آیند که به ساقه حالت مقاوم در برابر شکستگی را می دهند. ارتفاع متوسط ساقه 130 سانتی متر است و تعداد گره ها بسته به شرایط محیط و خاک متفاوت هستند و به رنگ سبز می باشند که در جریان فتوسنتز نیز دخالت می کنند. معمولاً ساقه های اصلی بلندتر از پنجه ها هستند. در انتهای ساقه اصلی و ساقه های فرعی اندام زایشی یا سنبله گندم ظاهر می شود. ساقه ها گرد و سطح آنها پوشیده از کرک است که مقاومت گیاه را در مقابل کم آبی و خشکی افزایش می دهد و از تبخیر و تعرق گیاه جلوگیری می کند.

برگ:

برگ ها در گیاه گندم از محل گره خارج می شوند و دنبرگ ندارند. به گونه ای که پنجک به طور مستقیم به ساقه متصل می شود و فاصله بین دو گره را می پوشاند. برگ نقش مهمی در فرایند فتوسنتز دارد و حفظ شادابی و طول عمر آن تأثیر معناداری بر میزان عملکرد گندم دارد. در محل اتصال برگ به ساقه سه زایده وجود دارد که دو زایده کناری را گوشوارک و زایده وسطی را زبانک می گویند. این زایده ها بی رنگ و شفاف بوده و پوشیده از کرک است و جدا از ایجاد مقاومت گیاه در مقابل تبخیر و تعرق برگ، زاویه قرارگرفتن برگ در ساقه را تعیین می کند. به آخرین برگی که روی ساقه ظاهر می شود برگ پرچم گفته می شود. طول هر برگ 10-20 سانتی متر و عرض آن 2/0 تا 5/0 است. تعداد برگ ها به تعداد گره های روی ساقه بستگی دارد که آن هم به رقم ژنتیک و خاک بستگی دارد.

اندام زایشی:

پس از رشد کامل ساقه، در انتهای ساقه اندام زایشی گندم که به آن سنبله و بعضی وقت ها به اشتباه خوشه گفته می شود به وجود می آید. به محور آن هم اصطلاحاً محور سنبله گفته می شود تعداد متفاوتی سنبلچه در طول محور سمبله قرار گرفته است که هریک از این سنبلچه ها دارای تعدادی گلچه هستند که پس از باروری تشکیل دانه می دهند. در تعدادی از ارقام گندم تعداد گلچه ها حتی به 11 عدد هم می رسد. اما از میان این تعداد گلچه ها تنها تعداد محدودی بارور شده و به دانه می رود که این تعداد به عنوان یکی از علامت سؤال های علم فیزیولوژی است.

گرده افشانی:

پس از گرده افشانی و بارور شدن سمبلچه ها میوه های گندم به وجود می آید. هر میوه از چند قسمت تشکیل شده که از خارج به داخل عبارتند از پوشه و پوشینه. هر پوشینه هم خودش از دو قسمت تشکیل شده به نام پوشینه زیرین و پوشینه بالایی. در زیر پوشینه دو زایده وجود دارد که پوشینک نامیده می شود.

دانه گندم کاملاً بیضی شکل است. طول دانه از بین 4-5/8 میلی متر و قطر آن 5/1-5/3 میلی متر متفاوت است. قسمت پایین دانه که به محور سنبلچه متصل است کاملاً کروی شکل است و جنین دانه گندم که در قسمت پایین دانه و در همین بخش قرار دارد کروی شکل است. قسمت بالایی دانه نوک تیز و باریک بود است. گندم هایی که در مناطق گرم و خشک دنیا رشد می کنند در قسمت بالایی دانه دارای کرک هستند. بخشی از دانه که به محور سنبلچه متصل است به صورت شکاف فرورفته می باشد که از ریزش دانه گندم جلوگیری می کند و بخش مقابل آن به حالت برجسته دیده می شود. کرک های موجود در نوک دانه گندم مانع از خروج یکباره رطوبت از دانه شده و دانه را در برابر کم آبی و تبخیر و تعرق محافظت می کند. رنگ پوست دانه گندم از سفید یا زرد شروع شده تا به رنگ قهوه ای و قرمز دیده می شود. 80 درصد گندم های دنیا قهوه ای هستند. وزن هزار دانه گندم بین 15-55 گرم متغیر بوده که در ارقام زراعی بین 30-75 متغیر است. پس از آن که پوشینه ها در اکثر ارقام گندم تشکیل می شود از انتهای هر پوشینه زایده ای باریک و نسبتاً طویل به نام آریستات یا ریشک به وجود می آید که آخرین اندامی است که از این گیاه بیرون می آید و دارای کرک های بسیار ریزی است که وجود این کرک ها به جلوگیری از خروج آب از دانه کمک می کند و گیاه را در برابر خشکی مقاوم می کند. این اندامک در فرایند فتوسنتز نیز دخالت داشته به طوری که حذف آن باعث کاهش عملکرد در گیاه گندم می شود.

آخرین اندام مهم دیگر در گیاه گندم که در جریان فتوسنتز نقش زیادی ایفا می کند برگ پرچم است. برگ پرچم برگی است که به عنوان آخرین برگ بر روی ساقه ظاهر می شود